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Composer(コンポーザー)

概要

Composerは、透過型電子顕微鏡で撮影された連続傾斜像を元に三次元再構成を行うソフトウェアです。三次元再構成へのステップを5つのシンプルなグループにまとめました。アライメント、再構成(FBP/SIRT) を素早く、簡単に行うことが可能です。


特徴

TEM画像に対して同様の処理を行なうアプリケーションは幾つか存在しますが、このComposerは、以下の特徴を持っています。

  1. 豊富な入力画像フォーマット
    各社の自動撮影ソフトウェアで撮影された連続傾斜像を読み込むことが可能です。

  2. 強力なアライメント機能
    1) マーカーが不要
    マーカーの無い連続傾斜像に対してもアライメントを行なうことが可能です。
    2) 高精度なアライメント
    マーカーを積極的に利用すると、より高精度なアライメントを行なうことが可能です。この他、各種画像フィルタや操作性を重視したマニュアルモードなど、豊富なアライメントツールが用意されております。多様なコンディションの連続傾斜像に対して、Composer は確実にアライメントを行なうことが可能です。
    マーカーの無い連続傾斜像に対してもアライメント可能
    マーカーの重心座標を自動的にアライメントするPartivle Alignment
    マーカーのLineProfileの中心座標を自動的にアライメントするLine Alignment

  3. 再構成
    1) 再構成の選択
    連続傾斜像の撮影条件、作成する三次元データの利用目的に合わせて、FBP、SIRT の2種類の再構成法を選択することが可能です。
    2) 高速、高効率な再構成演算
    マルチスレッドプログラミングにより、再構成演算を高速、高効率に実行します。
    3) 再構成テストモード
    1断面の再構成を行ないます。設定したパラメータの効果を確認するのに便利です。
    4) 再構成結果の微調整
    再構成結果を回転させたい、必要な深さだけ再構成を行ないたいなど、出力される3次元データへのカスタマイズを行うことが可能です。
    再構成法はFBP、SIRTの2種類から選択可能
    再構成結果の微調整が可能
    (図は再構成断面の回転角度調整ツール)

  4. その他の機能
    1) 撮影情報の確認
    2) 各種画像ファイルへの変換
    3) スライドショーのムービー作成
    4) 側長機能


処理の流れ

連続傾斜像の指定

Recorderにて撮影された一連の連続傾斜像を指定します。(Recorder以外で撮影された画像も指定可能です)


画像パターンの抽出

1枚の画像上に指定された矩形領域内の画像パターンを元にして、全ての連続傾斜像から類似する画像パターンを自動的に抽出します。この際に、各種画像フィルターを用いて、悪条件の画像に対しても高精度な画像パターン抽出を行ないます。


再構成の実行

3次元再構成計算を行なう範囲を指定して再構成を実行します。3Dデータに関するパラメータの調整も可能です。


出力データの確認

再構成結果ファイル(.bin : Visualizerの入力データ形式)が出力されます。



仕様

入力画像フォーマット DM3(※1), BITMAP, TIFF, MRC, ST
出力フォーマット BITMAP, TIFF, MRC, BIN, REC, AVI
位置合わせ法 Cross Correlation(各種フィルタ併用), Fiducial Marker, Line Alignment, Particle Alignment, Manula Alignment
再構成法 Filtered Back Projection, Simultaneous Interative Reconstruction Technique
その他サポート機能 撮影情報確認, 倍率表示, スケールバー表示, 画面キャプチャ, スライドショー, 傾斜軸の表示

※1 DM3 は Gatan社の画像ファイルフォーマットです。


カタログのダウンロード

PDF Composer.pdf

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