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TEMography Channel


Colorist

概要

電子線トモグラフィや、シリアルセクションSEMによって得られたVolumeデータから、任意の関心領域(組織や構造)を抽出する機能をセグメンテーションと呼び、構造解析において不可欠な機能とされています。セグメンテーションを輝度情報に対する閾値調整のみで行おうとしても、多くのVolume データでは、関心領域と周囲の輝度差が十分でない場合が多く、思い通りの結果が得られません。そこで、形状の特徴の知見を元に抽出を行っていく必要がありますが、これは専用のソフトウエアを使っても大変手間のかかる作業とされてきました。こうした、常識を覆すべく開発されたアプリケーションソフトウエアが、Coloristです。吟味されたユーザインタフェースと強力な自動化ツールによって、関心領域を直感的な操作でスイスイと短時間で抽出していくことを可能としています。


Visualizer-Kaiとの連携

Colorlistは、従来のセグメンテーションソフトウエアの様に、関心領域の外形をMeshデータとして出力するだけでなく、関心領域全体をVolumeデータとして出力する機能もあります。もちろん、どちらのデータもVisualizer-Kaiにて表示することができますので、Visualizer-Kaiが持つ測長機能や定評を頂いているムービー作成機能を活用して頂けます。

Visualizer-Kaiとの違い

TEMography SuiteのVisualizationソフトウエアであるVisualizerーKaiにも、セグメンテーション機能は搭載されていましたが、Volumeの分割を目的として開発しており、複数の関心領域を抽出したいというニーズには対応できていませんでした。Coloristは、最大255個の独立した関心領域を一度に抽出可能としているので、効率良くセグメンテーションができます。


特徴

  • Volumeの輝度値を利用したMask機能
  • 輝度値を利用して、ラベリングを行う領域に制限をかけることができます。これにより、描画されているVolumeデータを活かした色分けを行うことが可能となります。塗り分けができる領域は可視化されているため、選択可能範囲を簡単に確認することが可能です。この機能は、後述する様々なセグメンテーションツールにおいて利用することができます。

  • 多彩なセグメンテーションツール
    • Cursor Mode
    • 任意のスライス位置を簡単に指定することができます。また指定された位置のボクセル値を表示します。

    • Polygon Mode
    • ビューアー上をクリックするとポイントが描かれ、自動で直線または曲線が引かれます。その線で囲われた領域を選択することができます。

    • Brush Mode
    • 2種類のブラシスタイルを利用することができます。ブラシのサイズも変更可能です。ペイントアプリケーションのように自由に色を塗ることが可能です。

    • Magic Wand Mode
    • スライスをクリックし、そのボクセル値から設定した輝度範囲であり、かつ繋がっている領域を自動選択します。(2D・3Dに対応)

    • Morphing Mode
    • 同一方向のスライス面において、開始位置と終了位置にそれぞれ異なる形状を設定します。開始から終了位置へ形状を変化させながら領域を選択することができます。

    • Fill Hole Mode
    • 細かい穴を指定した色で埋めたり、逆に細かい粒子を削除することができます。(2D・3Dに対応)

    • Label Color Change Mode
    • 指定したラベルを別のラベルに一括変換します。(2D・3Dに対応)

  • Volumeの体積、スライスの面積、Meshの面積の計測と出力
  • Snap Shot機能
  • 入出力フォーマット
    • Input
    • Visualizer-Kai Bin(Volume)
      Volume Mrc, Rec
      Images Tiff, Multi-Tiff, Bmp, Jpeg, Png
    • Export
    • Visualizer-Kai Bin(Volume/Mesh)
      Volume Mrc, Rec, Raw
      Images Tiff, Multi-Tiff, Bmp, Jpeg, Png
      Mesh Model STL
      3D Scene X3D, WebGL, VRML, OBJ

システム構成

OS Window7, 8, 8.1 (64bit推奨)
Graphics Nvidia社製推奨
Memory 2 GB 以上
モニタ 1920×1200推奨

カタログのダウンロード

PDF Colorist.pdf

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アプリケーション : Colorist
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